När Madeira hittades 1419 var största delen av landet skog. Nybyggarna brände ön för mycket för att röja land för odling. Idag på grund av dess behagliga klimat finns största delen av befolkningen på sydsidan men de ursprungliga skogarna hittas fortfarande på de nordliga sluttningarna och öns djupa dalar. Denna lagerskog består av träd av Lauracea-familjen och otaliga andra växtarter. Beskyddningen av denna miljö är det viktigaste; därför är ingen boskap eller gätter tillåtna i dessa områden.

Andra beskyddade områden förutom parken inkluderar Desertas naturskyddsområden och Selvagens öarna såsom också Garajaus och Rocha do Navios havsskyddsområden; för att besöka alla dessa områden behövs ett specialtillstånd.

	Den ekologiska parken är ett område av naturenligt arv placerat på Funchals nordsida, i Pico do Areeiro med betydande utsikter. Området består av 1000 hektar och har en speciellt rik fauna och flora.  Denna park erbjuder utmärkta resurser för geomorfologi och biologi undervisning och har fungerat ofta som utomhus klassrum. Där finns några viktiga sällsynta ursprungliga Madeira träd såsom Bergaska, Dalens lilja och Kanarie lagerträd. Ett skogsplanterings projekt förverkilgades för att återställa många ursprungliga arter som nu tillhör Lauraceae familjen; en viktig beskyddningsåtgärd som nu har blivit för en regelbunden händelse. Som tillägg erbjuder denna park fritidsområden för besökare att njuta av.
	Ribeiro Frio skogspark placerad på Funchals nordsida och känd för sina vackra trädgårdar och promenadsstigar. Denna park är omgiven av ett urval ursprungliga växter och höga träd som täcker dess berg , tag en promenad genom denna naturpark djupt in i Laurissilva-skogen och upplev dess verkliga naturliga skönhet.
	Queimadas skogspark är på Santanas västliga kust; en park omgiven av Laurissilva-skogar med utmärkta stigar och picnic-områden. Denna park för till en härlig skog fylld med den tätasta och märkligaste vegetation; höga träd, blommor och kända stigar såsom Caldeirão Verde, Caldeirão do Inferno och Rancho Madeirense där ni hittar typiska Santana hus och en restaurang.
	Garajaus naturskyddsområde skapades 1986 och är på Funchals sydostliga kust. En av Madeiras populära dykningsplatser med en fantastisk undervatten riklighet med stora fiskar såsom grouper, moray, manta rockor, sjöhästar och mycket mera, den är en idealisk plats för amatördykning och attraherar många turister. Detta delvisa naturskyddsområde skyddas och övervakas, fiske är inre tillåtet och endast små båtar kan närma sig stranden.
	Rocha do Navios naturskyddsområde också känd som  O ilhéu da Viúva och är på öns nordostliga kust i Santana och har varit beskyddad sedan 1997 på grund av olagligt fiske med sprängämnen, som skadade sjöbottnet och hotade det känsliga havets ekosystem. Idag beskyddas detta område och har utmärkta vyer, båtar är tillåtna men fiskenät och undervatten fiske är förbjudet. Här finns vattenfåglar såsom de vanliga Garajau och Cagarra och är möjligtvis en boningsort den återkommande munksälen.
	Ponta de São Lourenços naturpark ligger på Madeiras ostligaste del. Tack vare dess geologi, speciella och unika växtarter och lokal flora och fauna, har denna 9km långa halvö beskyddats sedan 1982. Dessutom, förutom dess vegetation är det också ett hem för många fågelarter och även några munksälar som ibland har setts leka i området.
	Ön Desertas naturpark placerat 22 mil sydväst om Funchal  finns en grupp av öar kända som Deserta Grande, Bugio, Ilhéu Chão och Prego do Mar. 1990, förklarades dessa obebodda öar till naturpark, på grund av den nästan utrotade munksäls populationen. Från det låga, endast 6-8 djur år 1989 när de var en av de mest hotade djurarterna på världs listan om utrotade djur, fortsätter sälarna sin otroliga återhämtning  med ungefär 30 individer för tillfället. Det behövs ett specialt lov på förhand för att besöka dessa öar, dykning eller segling är inte tillåtna i naturparkens närhet. Några ordnade utflykter är tillgängliga.
	Öarnas Selvagens naturpark (från år 1971), är en grupp av tre obebodda öar; Selvagem Grande, Selvagem Pequena och Ilhéu de Fora, som ligger 280km syd om Madeira. Dessa naturparksöar har de mest imponerande och sällsynta växtarter och  på grund av nästan perfekta häckningsförhållanden, är den en utmärk tillflyktsort för fåglar. Det behövs specialtillstånd för att besöka dessa öar trots att ordnade utflykter är också tillgängliga.